Основными научными направлениями Института, как научно-исследовательского подразделения являются:
- анализ социально-экономической значимости хирургической инфекции в регионе на основе эпидемиологического мониторинга;
- разработка и совершенствование интегральных систем оценки тяжести состояния и мониторинга эффективности лечебного процесса у пациентов с хирургической инфекций;
- разработка оперативных вмешательств при различных формах хирургической инфекции с применением новых технологий с оценкой эффективности внедрения;
- разработка и апробация новых устройств для лечения хирургической инфекции с оценкой эффективности внедрения;
- внедрение в практическое здравоохранение региона современных методов лечения больных с хирургической инфекцией, в том числе разработанных учеными академии;
- совершенствование программ оптимизации профилактики и лечения хирургической инфекции;
- информационно-образовательная деятельность с организацией и проведением семинаров, школ для практических врачей, медицинского персонала, студентов Академии;
- издание научно-методических материалов;
- организация и проведение научно-практических конференций по проблемам оказания помощи больным с различными формами хирургической инфекции.

Основными целями Института являются:
- улучшение результатов лечения больных с различными формами хирургической инфекции путем разработки новых подходов к диагностике, оценке тяжести состояния пациентов, новых методов санации гнойных очагов с использованием гидропрессивных, ультразвуковых, эндоскопических и малоинвазивных технологий, новых методов детоксикационной терапии;
- уменьшение числа осложнений и летальности при генерализации инфекции путем оптимизации тактики ведения пациентов, анестезиологического пособия, предоперационной подготовки и лечения;
- координация внедрения в практическое здравоохранение новых технологий по диагностике, профилактике и лечению хирургической инфекции;
- разработка и внедрение стандартов диагностики, лечения и профилактики хирургической инфекции;
- выполнение поисковых, прикладных исследований и разработок по созданию научной, научно-технической, методической и иной продукции в соответствии с научными направлениями в рамках программ академии, Федеральных и региональных научно-технических программ, грантов, международных программ, а также по договорам с иными организациями академии, реализация этой продукции;
- повышение научного уровня научных исследований по проблемам хирургической инфекции в соответствии с потребностями практического здравоохранения Российской Федерации;
- участие в реализации программ послевузовского профессионального образования и повышения квалификации по тематике научных исследований и разработок Института;
- обеспечение повышение квалификации и профессионального уровня сотрудников Института;
- проведение сотрудниками консультативно-диагностической и лечебной работы.