В сентябре 1936 года профессор Н.Н.Назаров был избран заведующим кафедрой факультетской хирургии, а кафедру общей хирургии возглавил профессор М.П.Соколовский, проработавший в этой должности до 1945 года.
К 1936 году коечный фонд, курируемый кафедрой, был расширен до 100. Сотрудники кафедры продолжали активно разрабатывать вопросы лечения ран – на эту тему М.П.Соколовским была написана монография.
В 30-40-е  годы кафедра располагалась на базе вновь открытой клинической областной больницы (1935). В связи с этим, существенно возросли возможности клинической, биохимической, бактериологической лабораторий, при больнице был большой виварий. Все это позволило расширить диапазон научных исследований, в те годы на кафедре стало формироваться клинико-физиологическое направление в научных исследованиях. Сотрудники клиники стали заниматься гораздо шире вопросами абдоминальной хирургии. На кафедре стали обучаться аспиранты и защищаться диссертации (А.А.Русанов, М.А.Ионова) .
В период войны (1942-1944 гг.) кафедра общей хирургии, как и весь Воронежский медицинский институт, была дислоцирована в Ульяновске.
С началом Великой Отечественной войны многие сотрудники кафедры общей хирургии ушли на фронт, где работали хирургами, возглавляли хирургические госпитали различного профиля. В период эвакуации института в город Ульяновск кафедра общей хирургии размещалась на базе хирургического отделения одной из Ульяновских городских больниц на 50 коек. По возвращении медицинского института из Ульяновска она проводила свою работу на базе военного госпиталя. Несмотря на крайне трудные условия военного времени не прекращалась учебная и научная деятельность кафедры. Под руководством профессора М.П.Соколовского изучались вопросы лечения огнестрельных ранений, лечения спонтанной гангрены внутривенными вливаниями дистиллированной воды, пластических операций при травмах и ряд других вопросов.

После возвращения в город Воронеж с 1944 по 1949 гг. кафедра общей хирургии располагалась на базе Воронежского окружного военного госпиталя.