С 1956 года кафедрой стал заведовать доцент Б.И.Новиков.
Преподавательский состав кафедры значительно расширился (Л.Н.Попова, А.К.Чифин, С.А.Тимофеев, З.М.Цура), возрос диапазон хирургических вмешательств, которые стали выполняться при использовании современных методов анестезии.
На клинической базе кафедры формируются новые поколения сотрудников (Д.Я.Поляков, В.Я.Гительсон, Л.А.Автономов и др.). Сотрудники кафедры и клиники совершенствовали свою квалификацию на базах ведущих клиник СССР.
Доцентом Б.И.Новиковым была защищена докторская диссертация на тему: «Функциональные и патологоморфологические изменения печени и других органов при ахолии» /1957 год/,
Значительно расширяется тематика научных исследований, охватывающая проблемы лечения тиреотоксикоза, заболеваний печени и желудка, урологии, травматологии и ортопедии, заболеваний органов грудной клетки. В период заведования кафедрой профессором Б.И.Новиковым (1957-1970 гг.) основное внимание сотрудников кафедры было сосредоточено на разработке двух проблем – функциональной недостаточности печени при некоторых хирургических заболеваниях и травматизма. В эти годы, под руководством профессора Б.И.Новикова, сотрудники кафедры выполнили 80 научных работ и защитили 7 диссертаций, из них одну – докторскую, ассистентом Л.Н.Поповой – «Функциональные расстройства печени, патоморфологические изменения в ней и других органах при холемии» /1962 год/. З.М.Цура опубликовала работу монографического характера: «Лечение эпифизиолизов».
С 1960 года ассистентами кафедры работали В.И.Лозинский, Л.П.Агаркова, доцентом – В.Г.Цуман. С 1964 года штатными ассистентами кафедры были Б.Л.Емельянов, В.С.Харин. Первым аспирантом у Б.И.Новикова стал И.К.Волков /1962 год/, который с 1965 год стал работать в должности ассистента кафедры.
Кафедра постоянно оснащалась учебно-методическими пособиями для лекций и практических занятий. Совершенствовалась методология преподавания. Сотрудники кафедры активно работали со студентами-кружковцами.
В 1957 году городская больница № 3 получила новое, хорошо оборудованное здание и число коек в клинике общей хирургии увеличилось до 85. При этой больнице были организованы поликлиника и травматологический пункт.
За период с 1950 по 1960 год сотрудниками кафедры общей хирургии было выполнено и опубликовано в печати более 50 научных работ.
В 1964 году городская больница № 3 была объединена с городской больницей № 2, и кафедра общей хирургии получила в качестве клинической базы хирургическое отделение городской больницы № 2 на 150 коек.