С 1986 по 2005 год кафедрой заведовал Заслуженный врач Российской Федерации, академик МАИ, профессор Кошелев Петр Иванович.
Штат кафедры пополнился новыми сотрудниками – С.Н.Боев, Н.Ф.Солод, Г.Н.Карпухин. Доцент Д.Я.Поляков длительное время возглавлял курс онкологии, на должность доцента кафедры был избран В.Н.Лейбельс.
В этот период под руководством заведующего кафедрой работают вначале 2, а затем 3 доцента /В.И.Лозинский, В.Н.Лейбельс, С.Н.Боев/ и 6 ассистентов. Учебный процесс ведется на 5 факультетах академии (лечебном, педиатрическом, стоматологическом, факультете иностранных студентов и факультете высшего сестринского образования), в Международном университете высоких технологий и в филиале государственной медицинской академии им. Маймонида.
С 1995 года на кафедре начато преподавание студентам 3 курса диагностической эндоскопии, а с 1996 года – видеоэндоскопической хирургии. Клиническая база кафедры изменилась в качественном отношении: открыто отделение гнойной хирургической инфекции, функционирует отделение эндоскопической хирургии на 20 коек. Значительно увеличилось количество выполняемых оперативных вмешательств, в лечебном процессе широко используется эндоскопическая и видеоэндоскопическая техника. Применяются эндоскопические методы удаления полипов желудочно-кишечного тракта, эндоскопическая папиллосфинктеротомия при хроническом и остром калькулезном холецистите, эндоскопическое ушивание прободных язв, удаление червеобразного отростка при аппендиците с применением видеоэндоскопической техники.
Сотрудники кафедры продолжали изучать проблемы острой хирургической патологии органов брюшной полости в клинико-патофизиологическом направлении, что позволило создать научную концепцию по эндотоксикозу. Разработка вопросов диагностики и лечения заболеваний гепато-панкреатической системы нашло свое отражение в многочисленных публикациях в центральной и местной печати. По данной проблеме защищены три кандидатские диссертации. Научным направлением кафедры, избранным в 1996 году, является разработка проблемы малоинвазивных хирургических вмешательств при различной хирургической патологии.
Кафедра большое внимание уделяла практическому здравоохранению. За последние 20 лет в клинической ординатуре было подготовлено более 40 хирургов.