Первым заведующим кафедрой был профессор Николай Нилович Бурденко (по совместительству), в последующем один из наиболее видных отечественных хирургов, первый Президент Академии медицинских наук СССР.

Николай Нилович Бурденко в 1906 году окончил медицинский факультет Юрьевского университета. В 1909 году защитил доктор­скую диссертацию на тему: «Материалы к вопросу о последствиях перевязки venae portae».
С 1910 года Н.Н.Бурденко работал экстраординарным профессором кафедры оперативной хирургии и топографической анатомии Юрьев­ского университета, с 1917 года – заведующим факультетской хирурги­ческой клиникой. Н.Н.Бурденко вошел в историю отечественной и мировой науки как выдающийся хирург, клиницист-новатор, основоположник советской нейрохирургии, блестящий организатором военно-полевой хирургии. По совместительству Н.Н.Бурденко руководил и кафедрой общей хирургии /1919-1920 гг./. В 1939 году Николай Нилович был избран действительным членом Академии наук СССР, в 1944 году – действительным членом Академии медицинских наук СССР. За выдающиеся заслуги перед Родиной Н.Н.Бурденко в 1943 году было присвоено высокое звание Героя Социалистического Труда.
Среди профессорско-преподавательского состава, студентов Воронежского университета Николай Нилович пользовался огромным авторитетом. В своей преподавательской деятельности он старался передать студенчеству свой богатый военно-хирургический опыт, его лекции отличались высоким научным уровнем, всегда были интересными не только для студентов, но и для практических врачей, которые приходили их слушать.
Помимо лечебной и научной деятельности Николай Нилович проводил большую общественную работу. Он был одним из активных членов комитета по устройству университета и организатором хирургических клиник. Николай Нилович Бурденко часто выступал перед врачами города с докладами по многим вопросам военно-полевой хирургии, проводил показательные и наиболее сложные операции в больницах и госпиталях города Воронежа.
Профессор Н.Н.Бурденко был верным учеником и последователем Николая Ивановича Пирогова, творчески разрабатывавшим вопросы военно-полевой хирургии. В годы его работы в городе Воронеже он уделял много внимания вопросам черепно-мозговой хирургии. В данный период он разработал способ пластики твердой мозговой оболочки. При клинике факультетской хирургии была организована экспериментальная лаборатория, где проводились исследования по проблеме переливания крови (А.И.Ермоленко). В 1923 году Н.Н.Бурденко в журнале «Медицин­ские беседы» / основанном К.В.Федяевским и А.Х.Сабининым / опубликовал такие важные работы, как «Обозрение современных способов лечения ран» и «К вопросу о хирургическом лечении язвы желудка».
Коллектив кафедры факультетской хирургии под руководством Н.Н.Бурденко проводил большую научно-исследовательскую работу. Ассистентами клиники были защищены 3 докторские диссертации: в 1920 году – В.И.Бобровым на тему: «Топографо-анатомическое исследо­вание 12-перстной кишки человека и забрюшинной клетчатки в ее окружности», в 1921 году – Н.В.Словцовым на тему «Влияние гиперто­нического раствора поваренной соли на коллоиды спинного мозга», в 1921 году – П.С.Богушевским на тему: «Изменение ферментов крови при костно-суставном туберкулезе». В «Трудах Воронежского университета» за 1925 год и в журнале «Экспериментальная биология» был напечатан целый ряд научных работ сотрудников кафедры факультетской хирургии.
В период заведования кафедрой факультетской хирургии профессором Н.Н.Бурденко были организованы факультативные курсы по костно-суставному туберкулезу, которые читал студентам IV курса ассистент В.И.Бобров. В 1919 году по инициативе Николая Ниловича Бурденко медицинское общество имени Н.И.Пирогова при Юрьевском университете, организованное в 1908 году, было переименовано в медицинское общество имени Пирогова при Воронежском университете. Председателем его был избран Н.Н.Бурденко.
В октябре 1921 года медицинским отделом Главного управления профессионального образования Н.Н.Бурденко был назначен профессором кафедры оперативной хирургии медицинского факультета Московского университета. Но, в течение длительного времени (почти два с половиной года), воронежцы не отпускали его, ссылаясь на отсутствие подходящей кандидатуры для замены. В конце концов дирекцию университета обязали освободить Н.Н.Бурденко. В феврале 1923 года Николай Нилович сдал кафедру.
Роль Николая Ниловича Бурденко в научно-педагогической и общественной жизни Воронежа хорошо выражена в написанном 26 февраля 1923 года прощальном письме Николаю Ниловичу, подписанном 26 профессорами и преподавателями университета. В письме говорилось следующее: «Глубокоуважаемый и дорогой Николай Нилович! Чувство тяжелой грусти охватывает всех нас при сознании, что Вы покидаете нас, при сознании, что наш университет будет уже без Николая Ниловича. Имя это было настолько обаятельным и общепризнанным, как высокий авторитет совершенной личности, и настолько было тесно связано с именем нашего университета, что Ваш уход не может не отозваться крайне болезненно на всех областях его жизни».
После того, как Николай Нилович прочитал свою прощальную лекцию, огромное число студентов, собравшихся от всех факультетов университета, окружили глубоко любимого профессора, подняли его на руки и вынесли из аудитории.

В первые годы на кафедре общей хирургии работали 2 штатных ассистента – Н.В.Словцов и П.Ф.Лентовская-Боброва. Кафедра не имела своей аудитории, почти никакого оборудования и располагала для чтения лекций всего одной комнатой. Практические занятия со студентами проводились в городской амбулатории, которая состояла из 2 комнат. Около двух лет стационара кафедра не имела. Возможности для научно-исследовательской работы в этот период были крайне ограничены. Вполне очевидно, что период гражданской войны, в центре которого в эти годы находился и Воронеж, не способствовал совершенствованию учебной и исследовательской работы.